Lê Nam Khánh sinh năm 1977, bố mẹ của anh là Nhạc sĩ Lê Khiêm (gốc An Giang) và nghệ sĩ Minh Ngọc, đều thuộc biên chế quân đội.[1]

Khi mới lên 7 tuổi, theo định định hướng của bố mẹ, Nam Khánh học khóa Piano dài 11 năm, sau khi hoàn tất bậc học Trung học phổ thông, Nam Khánh bị mất phương hướng trong việc học nên anh thi vào Đại học Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh. Được nghệ sĩ Quốc Trụ dẫn dắt trở lại với âm nhạc, Nam Khánh thi đậu vào Nhạc viện Thành phố Hồ Chí Minh. Anh đã tốt nghiệp chương trình của cả hai trường trên.[2]